Sean Patrick Flannery lahir pada 11 Oktober 1965 di Lake Charles, Lousiana, Amerika Serikat. Selepas dari sekolah menengah dia kemudian melanjutkan pendidikannya ke University of St. Thomas di Houston dimana dia mengambil jurusan drama, sebenarnya alasan utamanya memasuki jurusan tersebut dikarenakan ia tertarik pada seorang gadis yang juga kebetulan mengambil jurusan yang sama. Meskipun alasan utamanya mengambil jurusan drama bukan karena ia suka dengan drama, namun perlahan-lahan minatnya terhadap drama dan akting tumbuh dan membuat Sean mulai berpikir untuk jadi aktor profesional.
Sean kemudian pindah ke Los Angeles dan mulai mencari agen untuk memuluskan langkhnya memasuki dunia akting profesional. Ditahun 1987 Sean muncul sebagai salah seorang pemeran pendukung difilm A Tiger’s Tale. Sean juga tampil dibeberapa iklan komersial yang kemudian secara perlahan memperkenalkan wajahnya ke publik. Ditahun 1990 secara berurutan Sean bermain didua film produksi Disney’s Mickey Mouse Club, yaitu; Just Perfect dan My Life as a Babysitter, dan ternyata penampilannya didua film tersebut membuat namanya mulai banyak dilirik sineas. Sean kemudian berhasil lolos kasting untuk memerankan Indiana Jones muda diserial The Young Indiana Jones Chronicles, serial yang ditayangkan dari tahun 1992 hingga tahun 1993 berhasil mengangkat namanya sebagai salah satu aktor pendatang baru berbakat.
Sean tampil cukup menawan difilm Powder (1996) yang membuatnya masuk kedalam nominasi MTV Movie Award untuk kategori Best Breakthrough Performance ditahun 1996. Ia juga bermain cukup bagus difilm-film, seperti; Best Men (1997), Body Shots (1999), D-Tox (2002), The Gunman (2004), dan The Insatiable (2007). Selain dilayar lebar, Sean juga tetap bermain diserial-serial televisi, seperti; The Dead Zone (2002-2007) dan The Young and the Restless (2011). Secara umum aktor yang juga pemegang sabuk hitam karate ini mampu menjaga kestabilan karirnya, meskipun film-film yang dibintanginya masih jarang yang masuk kategori box-office namun ia bisa menyuguhkan performa akting yang tidak mengecewakan.
Hingga saat ini artis yang masih memiliki darah Irlandia ini tetap disibukkan dengan sejumlah proyek film terbarunya dan membuatnya tetap sibuk dengan kegiatannya sebagai aktor profesional.